典型的肛瘘一般有内口和外口，以及连接它们的纤维化管腔，因此自己能够摸到破溃的外口和进入肛门的皮下条索状硬结。肛瘘是一种慢性感染性疾病，外口经常有脓性或脓血性分泌物流出，伴有间断性局部胀痛不适。长期的分泌物刺激可以导致肛门周围皮肤潮湿瘙痒。当饮食生活不注意时（辛辣刺激性食物，熬夜，久坐、过度劳累等），由于全身或肛门局部的抵抗力下降时，症状就有可能加重，肛周出现红肿疼痛，严重的可能伴有发热、排便排尿困难等。
肛瘘的发病原因：肛瘘的病因是肛腺感染，并得到肛肠界的公认。肛腺开口于直肠和肛门交界处的肛窦，肛窦是一个开口向上袋装的解剖结构，容易残留粪便和受到损伤，引起肛腺感染，形成肛瘘。
肛瘘不能自愈，需要手术治疗。肛瘘的内口就是感染的肛窦，是病源所在，也就是“病根”。药物治疗只能控制减轻症状，不能根治。唯有手术找到并清除内口才能有效地治疗肛瘘。
肛瘘术后愈合时间：一般需要3-4周。如果是复杂性肛瘘就需要更长时间，还可能要多次手术才能治愈。
手术后的伤口在排便时会感觉疼痛，还可能伴有不同程度的出血，部分病人也会由于恐惧排便导致排便困难。但随着伤口的愈合，这些症状会逐渐减轻，消失。
肛瘘手术成功的关键是找准并处理好内口。肛瘘是感染性疾病，手术后的伤口会被粪便污染，可能会有不同程度的伤口感染，导致伤口不愈或者假性愈合。所以手术后的伤口换药和定期复查很重要，而这也常常被肛肠科医生和患者所忽视。
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