肛瘘是肠道疾病中发病率仅次于痔疮的一种疾病，反复发作脓肿破溃，经久不愈，而且肛瘘是不能自愈的。
肛瘘不能自愈的原因
1、肛瘘基本上存在内口，内口与直肠相通，肠腔内的各种细菌及肠粘液常进入内口，造成原发病灶继续存在，使瘘管长期处于慢性炎症之中。
2、肠腔中的粪便、肠黏液和气体进入瘘管后使管壁组织增生变厚，形成纤维化管壁，管壁不能自行闭合且瘘管弯曲或走形于括约肌之间被括约肌的压力所压迫导致瘘管引流不畅。
3、特别是高位复杂性肛瘘的患者，内口虽然在肛窦部位，但其主要管道已经超过了外括约肌深部以上，个别患者还会出现在盆底肛提肌以上存在瘘道，这种肛瘘由于被人体的外括约肌紧紧压迫，瘘管深藏，引流更加不畅，自愈的可能性更加微乎其微。
4、肛瘘外口狭小，个别患者还会出现外口的肉芽增生，更加阻碍了瘘管的引流，有时某一处的外口由于炎性粘连而暂时闭合，当再次感染时会形成瘘管感染化脓，新的脓肿可能从原外口溃破也可能从其他的地方再次溃破，这样便形成了以主管道为主的复杂性肛瘘，时间越长这种发病概率越高，只要内口、瘘管、外口没有被完全敞开，坏死组织就不会被液化，也就不会自行愈合。
5、整个瘘管无论长短，简单或复杂，由于瘘道两端内口、外口平时处于“关闭”状态，这样时闭时溃的状态，再加上管壁阻碍了血液循环，脓液蓄积腔内，导致脓腔再发并穿破而形成新的支管和瘘管。