肛瘘是发生在肛门周围组织内特有的感染性疾病，它的发作期显得十分平静，但是瘘管就像在皮肉里埋了包含有细菌和脓汁的定时炸弹，随时可能发生化脓感染。
肛瘘的形成是由于炎症存在、细菌感染、药物刺激，使得脓性物以及粪便通过肛管时，细菌就会不断的从内口钻入瘘管内，从而发生感染，导致恶性病变;
但大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，长久腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。
为什么肛瘘的的发作期如此缓慢？
1、由于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，时间久了就会成为病菌入侵、扩散、积聚繁殖的地方，使这里的组织容易感染发炎，而形成肛门直肠周围脓肿。
2、肛周脓肿为肛瘘的初发期，而肛瘘为肛周脓肿的慢性阶段，般情况下，肛周脓肿若不早做治疗就会形成肛瘘，所以，在肛周脓肿发生的这个过程也是肛瘘的个潜伏期。
3、肛隐窝、肛门瓣感染发炎。开始仅限于局部的炎症，这时若感染未能及时治疗，炎症即可向肛门周围蔓延。慢慢的形成肛瘘。
所以说肛瘘不会如肛周脓肿般发展如此快，不过也不能因肛瘘发展缓慢，而采取对其采用拖延态度对之，要知道，肛瘘的危害与肛周脓肿来要来的深。如若久拖不治，瘘管会逐渐增加、甚至还会出现癌变的可能，所以定要引起重视。
因肛瘘是种由内而外发展的疾病，保守治疗根本不能得到治愈，只能起到暂缓的作用，只有通过手术才能达到治愈的目的。