1.药物治疗
肛瘘有间歇期和发作期。间歇期会完全没有症状，这时可以不用药。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以采取药物治疗暂时缓解症状。
（1）外治用消肿止痛洗剂坐浴，外涂金黄膏。
（2）使用抗生素急性发作期可以使用抗生素，但一般不要超过一周。
（3）中药内服用萆薢渗湿汤加化毒除湿汤加减，伴发热用仙方活命饮。
2.手术治疗
（1）切开引流肛瘘发作期合并感染，此时因身体其他因素不能手术，可以在感染灶表面切小口引流或注射器抽脓处理。这种方法效果立竿见影，但只是暂时缓解，日后还需再行根治手术。
（2）置管或挂线引流对高位瘘或多瘘管的复杂瘘，没有把握手术，但为了防止病情加重或蔓延，可以在瘘管内放置引流管或引流条，每天药物冲洗，虽不能根治，但可以控制病情。
（3）肛瘘切开术肛瘘最经典与最主流术式，90%以上低位肛瘘的治疗采用此方法。
（4）瘘管剔除术对瘘管完全粘连、较细的低位肛瘘，探针无法探入，可以采用剔除术。
（5）主灶切开支管旷置术适用于各种复杂性肛瘘。操作时首先要对主灶进行定位，及内口和肛管处的瘘管，这部分采取直接切开。对外口行扩创。打通外口与主灶间的瘘管，并放置引流条或引流管。术后7～10天左右拆除。
（6）挂线术适用于高位肛瘘。挂线术是目前国内外治疗高位肛瘘的最主要方法。以线代刀行慢切割，在切断肛瘘管壁的同时，造成断端的炎症粘连，防止回缩，可以适当起到保护肛门功能的作用。但缺点是，疼痛明显，尤其是还需要二次紧线，疗程相对较长。
（7）双向等压引流术适用于高位肛瘘和复杂性肛瘘。采取半切割挂线，可有效保护肛管的核心结构“肛直环”术中不被完全切断，在保证疗效的前提下，有效保护了肛门功能不受破坏。
（8）瘘管填塞术考虑到切开和剔除术都会断开瘘管经过的肛门括约肌，国内外尝试采取一些特殊材料来填塞瘘管，可以不伤及肛门肌肉而治愈肛瘘。这些材料包括纤维蛋白胶、用冻干猪小肠黏膜下层脱细胞基质制作的生物修复栓等。本方法应用条件非常苛刻，瘘管完整、畅通，内外口清晰的低位瘘。术后填塞剂流出或出现感染，治疗将失败。目前尚不能作为一种替代疗法在临床广泛应用。
（9）Lift术该术式是年Arun等提出，全称是1igationofintersphinctericfistulatract，中文意思是“括约肌间瘘管结扎术”，可用于低位瘘的治疗，优点是不切开瘘管，但治愈率低。作为对保肛术式的一种探索，由于无肛门失禁风险，文献报道的成功率14%～60%
（10）VSD负压封闭引流技术负压封闭引流技术（vacuumsealingdrainage，VSD）是一种处理各种复杂创面和用于深部引流的全新方法。近年来国内外诸多学者将其应用于各种急慢性复杂创面的治疗取得了良好的效果。肛肠科近年来有些单位开始应用，效果有待进一步验证。高位肛瘘的治疗需要更多的探索，VSD技术在其他外科领域已取得良好效果，可以尝试在高位肛瘘、大范围的肛周脓肿治疗中应用。缺点是患者活动受限，肛门还要排便，这都给该技术在肛肠科的应用设置了障碍。
并发症
1、出血：有较大的血管破裂，出现活动性出血点，此时要用丝线结扎出血点来止血。
2、尿潴留：术后第一次排尿困难，尤多见于老年前列腺肥大病人。术后疼痛、局部麻药过量也可引起排尿困难，一般按摩或热敷小腹、听流水声诱导排尿均可见效。
3、创面假愈合：往往是换药不及时或不适当所致，有些是属于病人“体质性因素”造成的，此时只要重新切开假愈合的部分，使引流通畅即可，所以引流通畅很重要。
4、感染：手术后只要坚持换药、坚持排便后清洗肛门，是不会感染的。如果感染，一定是粪便污染了创面，这时要清创，静脉点滴抗生素控制感染。
保健贴士
1、建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃
2、应多吃清淡含丰富维生素的食物，如绿豆、萝卜、冬瓜等新鲜蔬菜、水果
3、对经久不愈的肛瘘多为虚证，饮食上多吃含蛋白质类食品，如瘦肉、牛肉、蘑菇等。
4、及时治疗肛窦炎、肛乳头炎，以免发生肛管直肠周围脓肿及肛瘘。
5、肛门灼热不适、肛门下坠者，要及时查清原因，及时治疗。
6、防治便秘和腹泻，对预防肛管直肠周围脓肿有重要意义，因为大便干结容易擦伤肛窦，再加上细菌侵入而感染。腹泻者多半有直肠炎和肛窦炎的存在，可使炎症进一步发展。
7、积极治疗，不积极治疗可能会引起肛管直肠周围脓肿的全身性性病，如溃疡性结肠炎、克隆氏病等。
8、养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。
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肛瘘会不会癌变？
肛瘘，是临床上十分常见的一种肛肠病，它与痔疮、肛裂并称肛肠科三大常见疾病，据保守统计，中国的肛瘘患者至少要超过万人，肛瘘可以发生在任何年龄，但以中青年和婴幼儿最为常见，男性多于女性。肛瘘是有可能发生癌变的，这已经基本得到了世界医学界的公认，但是无论是网络还是平面媒体，都有很多不负责任的文章盲目放大肛瘘发生癌变的可能性，笔者就曾见到过一篇文章，说15%的肛瘘患者会发生癌变，这就绝对是危言耸听了，是一种极不负责任的说法，这些文章使得很多肛瘘患者天天担心自己会发生癌变，无形中增加了很多的心理压力，笔者认为有必要把肛瘘癌变这个问题解释清楚，以正视听。
对于肛瘘癌变的问题，用三句话可以解释清楚：
1.肛瘘和癌没有直接关系，肛瘘不是癌症的前期病变；
2.可能由于长期的炎症刺激或者瘢痕组织变异，慢性肛瘘确实有癌变的病例；
3.慢性肛瘘癌变的病例十分少见，肛瘘癌变的概率很低。
可以这么说，肛瘘癌变在临床上是非常少见的，自Rosser于年首次报道肛瘘癌变以来，每个文献报道的病例不超过3例，从年至今的70余年时间中，全世界报道的肛瘘癌变病例也并不多，有一种说法说至今国外文献一共收集到多例肛瘘癌变的病例，也有说法说是几百例，总之，肛瘘癌变在临床上是十分少见的，可以说慢性肛瘘癌变的概率是很低的，有一种统计认为肛瘘发生癌变是0.1%的概率，所以患者们大可不必过分紧张。但是，这么说并不等于肛瘘就是小毛病就可以不重视，肛瘘的危害还是很明显的，特别是反复发作的患者，单纯瘘有可能发展成复杂瘘，而且，尽管概率很低，肛瘘毕竟还是有可能恶变的，目前来讲，无论是国内还是国外，手术治疗还是根治肛瘘的最可靠和最有效的方法。