治疗肛瘘首先需要排出瘘管中脓液。该治疗属小型手术，需要在全麻状态进行。手术时将一条硅橡胶挂线（其粗细、韧性与橡皮筋类似）穿过瘘管，两端扎紧。这样可使脓液排出，消除炎症。治疗过程可能也需要使用抗生素。六周内，症状应得到显著缓解。患者需要至结直肠医生处复诊。此时通常有五个选择：1.去除挂线2.保留挂线；3.去除挂线并切开瘘管；4.去除挂线并切除瘘管（有或无瓣膜移植）；5.去除挂线并使用粘胶或塞子封闭瘘管。
去除挂线
如果引入挂线超过六周，炎症消除，移除挂线在75%－80%的病例中证明有效[3,4]。但克罗恩病（Crohn’sdisease）患者去除挂线后的痊愈机会降至低于50%－60%[5]。
保留挂线
如果肛瘘经过肛门括约肌，切开瘘管的做法或许不够安全，因为此法可能切断肛门括约肌，则会引起不同程度的排便失禁。因此就需要保留挂线多一段时间，以确保引流剩余的脓液，消除炎症。有时需将松开的挂线适当扎紧。多次紧线后，挂线会缓慢将瘘管切开。最终挂线自己脱落，而无需损伤肛门括约肌。此过程较缓慢，可能至多需要一年。但对肛门括约肌更安全。在瘘管被缓慢切开的过程中，括约肌得以自行修整和复元[6]。
去除挂线并切开瘘管
若挂线经过少于三分之一的肛门内括约肌，切开瘘管移除挂线较为合理。这样可以清洁（刮净）瘘管，促进痊愈。
去除挂线并切除瘘管（有或无瓣膜移植）
若挂线影响大部分肛门括约肌，则可去除挂线，并切除引流瘘管表面。这包括简单结扎并切除部分瘘管，无需使用瓣膜移植（如括约肌间瘘管结扎术LIFT）；或者可切除整个瘘管，并用表面瓣膜修复内口创面。若内口在肛管高位，则需采用直肠皮瓣推移修补术，利用粘膜瓣及下层肌肉层覆盖在内口创面。若内口位于肛管低位， 采用肛膜V-Y皮瓣推移治疗。这两种瓣膜修补术也包括修复括约肌，清洁（刮净）外部瘘口，继续引流，直至修补完成。
去除挂线并使用粘胶或塞子封闭瘘管
很多塞子和粘胶都被用来尝试封闭瘘管。这种手法的优点是能够保护肛门括约肌。纤维蛋白胶水的应用初见成效。市面可买到几种产品，治疗时可单次或多次注射产品至外口。初步研究前景光明，治愈率高达70%，并未发现有失禁的情况。然而近期针对长期治疗情况的研究结果则不净人意，显示复发率高达75%[7]。瘘管塞子由胶原制成。初步结果鼓舞人心，治愈率较高[8]。但是，长期效果亦不容乐观，失效率达70%－80%[9－10]。因此，建议选择性采用此法，只有部分肛瘘类型适用塞子封闭。也有证据表明，长度大于4厘米的瘘管较之短管更宜采用这些治疗方法。
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