肛瘘是一种常见的肛肠疾病，多发病于青壮年男性，但其他年龄及女性也可发病。肛瘘是由于肛肠部位受到感染，由肛窦炎等炎症引起，由内而外发病。在发病初期，肛周部位可见脓包，叫做肛周脓肿，肛周脓肿破溃后，皮下组织形成纤维化的瘘管，就是肛瘘。
肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合。
内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管。
管道多在不同高度穿过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。
肛门部不能静养，脓腔不易粘合，排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
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