1、直肠肛门损伤、外伤：肛肠专家强调,来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，都可导致肛瘘。肛瘘久拖不治的危害肛瘘久拖不治有多种危害。
2、结核杆菌、放线菌等感染：结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。
3、肛门直肠周围组织感染：如果肛门直肠周围炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的组织间隙之中。
4、肛门直肠周围炎：炎症从局部的肛隐窝和肛门瓣开始，仅限于局部的炎症，逐渐蔓延扩散，如果感染未能及时治疗，炎症即可向肛门周围蔓延，形成肛门直肠周围炎。
5、瘘管形成：肛门直肠周围脓肿自行破溃或经切开引流换药处理后，脓腔虽逐渐缩小，但溃疮却久不收口，这时腔壁已形成结缔组织增生的坚硬管道壁，中间遗留之空隙，这就是瘘道，脓液经常顺从瘘道流出，反复感染，反复发作，经久不能自愈，而成为瘘管。
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